Los eventos de Tales of Xillia 2 se desarrollan un año después del final de Tales of Xillia. Los jugadores se pondrán en la piel de Ludger Kresnik, un joven que ama la cocina y que vive con su hermano mayor y su gato, de nombre Rollo. Un día, mientras se dirige a su nuevo trabajo en una cafetería del barrio, se topa con una joven llamada Elle Marta y ambos se verán involucrados en un accidente que les cambiará las vidas para siempre.

La historia de Tales of Xillia 2 gira en torno al concepto de “elección”, el cual también tiene una gran importancia en la mecánica de juego. A lo largo del viaje de Ludger, el jugador podrá decidir cómo reaccionar ante los diferentes personajes y situaciones. Estas elecciones pueden provocar que la historia siga diferentes caminos según las decisiones que tome el jugador.