Este segunda parte se centrará en tres protagonistas: nuestro protagonista, Daichi e Io. Tres estudiantes de secundaria que se verán envueltos en un caos que desatarán los misteriosos invasores llamados “Septentrions”. Para combatir esta amenaza, los protagonistas tendrán que realizar un pacto con el diablo y organizar un ejército demoníaco para defender Japón.

Viajaremos por distintas ciudades del país nipón (el primer Devil Survivor sólo recorríamos Tokyo) en un RPG estrátegico. Volverán nuevas características como las pujas para los demonios o un sistema nuevo llamado Destiny, donde nuestras acciones morales en la trama tendrán repercusión en el desbloqueo de nuevos personajes y las habilidades de nuestros demonios.