Rintarou Okabe y sus amigos crearon accidentalmente una máquina del tiempo, con la cual se pueden enviar mensajes al pasado. Durante las vacaciones de verano, cuando pasaba tiempo libre en compañía de sus amigos, un terrible accidente ocurre… ¡Okabe intenta regresar una y otra vez al pasado para salvar la vida de su querida amiga de la infancia Mayuri!