En Killing Floor 2 los jugadores se adentran en la Europa continental para luchar contra el brote causado por el experimento fallido de Horzine Biotech, que cada vez se propaga con más rapidez y de manera más contundente. Tal es su magnitud que ha llegado incluso a paralizar a la Unión Europea. Justo un mes después de lo sucedido en el primer Killing Floor, los clones de los especímenes están por todas partes y la civilización se ha sumido en el caos: las comunicaciones no funcionan, los gobiernos se han colapsado y los cuerpos militares han sido erradicados. Los habitantes de Europa saben demasiado bien cómo sobrevivir y protegerse ante este tipo de situaciones, y los más afortunados han logrado ocultarse. Pero no todo el mundo ha perdido la esperanza… Un grupo de civiles y mercenarios ha unido sus fuerzas para luchar contra el brote y han establecido bases de operaciones de financiación privada por toda Europa. Una vez localizados los brotes de clones de los especímenes, los jugadores tendrán que abrirse paso en zonas infestadas de zeds y acabar con ellos.