Terrorismo. Una palabra que pareciera ser la moda actual en los aconteceres del planeta. A diez años del día de hoy, la idea se mantendrá vigente, pero las ejecuciones alcanzarán otro nivel de destrucción. Una organización llamada Cobra emergerá en el panorama mundial, con armamento tecnológico adelantado a lo que tendremos para defendernos. Hasta que lleguen ellos. Una unidad que sobrepasa el entrenamiento de fuerzas especiales, la disciplina militar, y la tecnología regular. Su nombre: G.I. Joe.

A diferencia de la película, en la que la historia gira alrededor del origen de la malévola organización Cobra y por consiguiente de su conflicto con el heroico comando G.I. Joe, el juego toma lugar después del filme, en un mundo donde el conflicto entre ambas facciones ya es una realidad devastadora. A pesar de tomar varios elementos narrativos de las series animadas y los comics, las apariencias de los personajes serán aquellas de la película.