El mako, la energía vital del planeta, se está agotando poco a poco.

En la ciudad de Midgar, ocho reactores absorben el mako para suministrar energía a los habitantes. La Compañía de Electricidad y Energía Shinra controla dicho suministro y, a través de este monopolio, el mundo. A esta megacorporación se opone el grupo Avalancha, dispuesto a hacer lo que sea por proteger el planeta.

Cloud, un exmiembro del grupo militar Soldado, presta a Avalancha sus servicios como mercenario para asegurar el éxito de su misión de destrucción del reactor de mako n.º 1.

Tras concluir la misión, Cloud y sus nuevos socios huyen al sector 8, donde descubren que la explosión ha causado más daños de lo que imaginaban. En un callejón en llamas, Cloud ve el fantasma de un enemigo al que creía muerto.

La sombra de ese pasado que querría olvidar le lleva a encontrarse con una florista muy particular.

Ella le entrega una flor amarilla que, según el lenguaje de las flores, simboliza el reencuentro. Su conversación se ve interrumpida por unos misteriosos seres espectrales que se ciernen sobre ellos: los Ecos del planeta.