Los humanos han sido valientes, hasta ahora han soportado los temibles embates de los Strogg, quienes con su alta tecnología y fríos sentimientos, intentan esclavizar a la raza proveniente del planeta tierra, para convertirlos en un territorio mas en su colección, ahora los combates se han vuelto mas feroces, debido al violento contraataque del escuadrón GDF, quienes se han convertido en una nueva esperanza en esta caótica guerra.

En esta nueva versión de Quake, el modo principal de juego es la modalidad en linea, aquí, las batallas son lidiadas por los 2 bandos enemigos en diferentes terrenos, los cuales se encuentran llenos de trampas mortales y vehículos todo terreno, estos últimos siendo determinantes en los resultados de los conflictos intergalácticos.