Un avión de una prestigiada aerolínea comercial ha sido derribado en territorio norteamericano. Los reportes preliminares indican que un misil tierra-aire fue el causante de tal accidente. Ningún gobierno internacional ha declarado ser el responsable del ataque, lo que ha elevado la tensión política global. Altos mandos del gobierno Estadounidense han otorgado el grado de agente Alpha al novato Michael Torton para que este logra investigar el suceso sin ninguna restricción. Pero su misión lo llevará a descubrir que muchas de las cosas que en ocasiones parecen simples y aparentes, realmente envuelven motivos mas profundos.

Alpha Protocol logra crear una experiencia única utilizando como base ciertos aspectos del género RPG. Tras combatir a los enemigos como en cualquier otro juego de acción en tercera persona, el juego brinda la posibilidad de mejorar ciertas habilidades de combate del personaje mediante puntos de experiencia. Así mismo es posible tomar las decisiones que mas se acoplen a tu estilo para desarrollar la personalidad del personaje dentro de la historia.