Clank, uno de los dos protagonistas de la serie Ratchet & Clanck, debuta como protagonista solitario en este grandioso título.

El robot Clank se viste de esmoquin para emprender una aventura donde tendrá que ayudar a su amigo Ratchet. Secret Agent Clank sigue conservando el espíritu que ha caracterizado a la saga desde sus orígenes, con lo que podemos esperar una importante componente de plataformas, acción y disparos. El juego nos lleva por variadas misiones. algunas consisten en experimentar un descenso nevado en un claro guiño al interpretado por Pierce Brosnan en El Mundo Nunca es Suficiente (una de las películas del agente 007), mientras que otras vislumbran un amplio repertorio de momentos jugables que nos llevan desde una partida de cartas con mecánica DDR (pulsar botones siguiendo el ritmo de la música) hasta escenas de sigilo donde Clank tiene que hacerse pasar por sus enemigos o simplemente esquivarlos sin ser visto.

El aclamado héroe galáctico Ratchet ha sido acusado de un misterioso crimen, el cual dice no haber cometido. Lamentablemente todas las pruebas están en su contra y pronto será condenado a una fría prisión, a menos que su inseparable compañero robótico llamado Clank pueda desenmascarar al verdadero culpable. Pero Clank tendrá que hacer uso de sus dotes de agente espía si desea salvar a su peludo amigo.