La enfermedad de las sombras se ha cernido sobre cientos de humanos alrededor del mundo. La ultima víctima de este extraño padecimiento es una joven inocente de nombre Yonah, quien solía ser una persona amorosa y sumamente compasiva hacia los demás. Su padre (Nier) es un poderoso guerrero reconocido por sus brutales técnicas de combate y frialdad para comunicarse con sus conocidos, pero esconde dentro de su corazón un profundo amor por su hija.

Tras el contagio de su hija, Nier ha buscado desesperadamente una cura para ella, sin tener éxito alguno. Hasta que un día encuentra un místico libro de hechicería parlanchín, el cual le promete ayudar a curar a su hija, si el guerrero accede a guiarlo en una misión que cambiará el destino de todos los seres vivos para siempre. Sin dudarlo Nier accede a realizar el pacto, pues su dolor le impide ver que el mismo será el encargado de traer la destrucción a esta tierra.

El modo de juego de Nier mezcla elementos de juegos de acción con ciertos toques rpg que le ayudan a aumentar la escala de la historia. Dentro de cada combate el personaje utiliza su afilada espada para derrotar a los enemigos, mientras que el libro mágico que porta desata infernales hechizos sobre los oponentes.