Un grupo de esforzados paladines ha derrotado a los guerreros del mal procedentes del mundo exterior, en el torneo a vida o muerte llamado Mortal Kombat, salvando a la Tierra de la destrucción durante una generación más. Pero cuando los vencedores están todavía regocijándose por su triunfadora victoria, las puertas que llevan al mundo exterior se hacen pedazos y una figura gigantesca, con el rostro de la muerte, declara que la batalla no ha hecho más que empezar. Shao-Khan, el temible emperador del mundo exterior, no sólo ha roto las sagradas reglas del Mortal Kombat, sino que esta vez viene en persona, al frente de sus escuadrones de exterminio, a conquistar y eliminar cualquier cosa que se interponga en su camino. Ni siquiera los omnipresentes dioses mayores pueden detenerlo, y los Guerreros dependen más que nunca de su propio valor e iniciativa para frenar el terrible y destructor sacrificio, luchando contra unos enemigos más poderosos que ninguno de los que se han encontrado jamás.

Segunda parte de una de las primeras películas surgidas de un vídeo juego en la que Liu Kang, el protagonista, ha de enfrentarse al emperador del mundo exterior que está preparado para destruir la Tierra.