Hiro es un pequeño aprendiz ninja con gran determinación y valor. Por ello su venerable sensei le ha encomendado una peligrosa misión para salvar a todos los habitantes de la región. Junto con el poderoso Futo se embarcara en una aventura que lo llevará a través de todo Nipón mientras combate contra peligrosos samurais muy bien armados, los cuales al ser derrotados se convierten en… indefensos animales del bosque.

Mini Ninjas es un título desarrollado por el mismo estudio desarrollador de juegos como Hitman o Kane & Lynch. El combate se desarrolla en tiempo real, por lo que es posible utilizar diferentes técnicas de ataque al mismo tiempo que se esquivan los ataques de los enemigos. Cada personaje cuenta con habilidades propias que les permiten sobrepasar los obstáculos que se interpongan, entre ellas se encuentra la mística magia Kuji de Jiro y la descomunal fuerza física de Futo.