La paz y la tranquilidad reinaban en una nueva era donde los reploides y los humanos convivían hombro con hombro. Pero este periodo no duraría para siempre, pues ciertos eventos provocarían la violencia entre ambos bandos. La líder de un prestigiado grupo de científicos busca desesperadamente la capsula en la cual duerme el mítico cazador de Mavericks llamado Zero. Este reploide es considerada la única salvación de los de su raza, pues todos ellos han comenzado a ser eliminados por la tiránica opresión de la fortaleza Neo Arcadia.

La saga mas retadora de toda la franquicia Megaman regresa para que nuevas generaciones puedan poner a prueba su habilidad. Cada una de las cuatro entregas introduce elementos que serian de vital importancia para la fundación de la historia relatada en ZX. Si por alguna razón no puedes superar la modalidad normal, se ha incluido una nueva opción ideal para principiantes. Además, la galería de arte adicional incluye bocetos e imágenes que relatan la creación del título.