La libertad se gana en el campo de batalla, pero solo esta al alcance de aquellos que han pasado innumerables obstáculos y adversidades. Jan Templar lo sabe muy bien, pues después de haber repelido la invasión Helghast, pero su felicidad duraría poco al enterarse que un nuevo general se encargaria de retomar la ofensiva invasora, un ser conocido por su crueldad en combate. Su nombre es Armin Metrac, un nombre que hara temblar a toda la humanidad.

Cambiando la modalidad de juego de la versión anterior, Liberation toma un estilo más enfocado al táctico. En donde el jugador puede mover a sus tropas por el terreno y darles ordenes de operación. Esto cambia al momento de un confrontamiento, pues estos se realizan en tiempo real y pueden variar dependiendo el entorno.