Ubicándose cronológicamente dos años después del juego Final Fantasy VII, la trama de Advent Children se centra en Cloud Strife, quien atormentado por sus demonios internos y fracasos del pasado termina tomando distancia de sus amigos.
Es entonces cuando aparecen tres misteriosos hombres de cabello plateado quienes comienzan un sorpresivo ataque en la ciudad de Edge, complicando la situación de aislamiento de Cloud.
Luego de una breve investigación, Cloud descubre que los tres hombres buscan los restos de Jenova como parte de un plan para revivir a Sephiroth.