Daxter se encuentra solo en el universo infinito. Su valeroso amigo Jak fue capturado por los guardias Krimzon y confinado a una fría prisión espacial. Ahora, el pequeño Otsett tendrá que decidir que es más importante para el, la amistad incondicional o su anhelada vida libre de preocupaciones. Su decisión afectara el destino de toda la galaxia.

La aventura de este pequeño ser, lo llevará alrededor de diferentes planetas, en donde conocerá poderosos nuevos aliados, que le entrenaran en diferentes artes, convirtiéndolo en un formidable combatiente.