Como ya sabemos, algunos de los protagonistas de Persona 3 y 4 oyen un extraño sonido que les transporta a una dimensión alternativa, esto es, a un extraño instituto que tiene un campanario de lo más tenebroso. Durante su estancia allí conocerán a nuevos personajes y se enfrentarán a todo tipo de enemigos para conseguir escapar de este lugar.

La dificultad se puede ajustar en Seguro, Fácil, Normal, Difícil y Peligroso. Además, durante la aventura se desarrollarán diferentes misiones protagonizadas por los distintos guerreros, por las cuales conseguiremos varios extras.