Ya no mas espera, el tiempo llego para que las verdades tan bien guardadas por esta saga surjan a la luz, incluso ese tan confuso final de la segunda parte, donde Revolver Ocelot fue poseído por el implante del brazo derecho de Liquid Snake, uno de los hijos genéticos del soldado legendario Big Boss, con el conocimiento de Ocelot, Liquid se dispone a formar su propia armada de insurrección y crear su nueva nación conocida como Outer Heaven, donde los militares son libres de las ataduras políticas y no conocen un orden, es aquí cuando un viejo y cansado súper agente conocido como Solid Snake es enviado a la acción para detener los planes de este trastornado hombre.

Esta guerra ha cambiado mucho durante estos años de ausencia, los Metal Gear (armas nucleares bipédales capaces de destruir una armada en segundos) se producen en masa y se envían rápidamente a cualquier conflicto bélico, los nuevos soldados son implantados con nanomaquinas que les permiten aumentan su efectividad con las armas y un mayor conocimiento de las técnicas de combate cuerpo a cuerpo conocidas como CQC; también existe una unidad especial llamada la Bella y La Bestia, la cual consta de 5 mujeres que han caído en la locura y han sido serie de diversos experimentos genéticos, donde el resultado obtenido les brinda la oportunidad de cambiar a la forma de una temible bestia con armamento de punta que pondría a temblar a cualquier humano.