Sinnoh. al igual que todas las regiones habitadas por los Pokémon, oculta muchos secretos, entre ellos el misterioso lugar conocido como ?Distortion World?, en el cual, las leyes de la física no existen, por lo que es posible ver a los ríos cambiar de curso en un instante, las gotas de lluvia flotar en el aire e incluso caminar por las paredes debido a su inexistente gravedad. Dos valientes entrenadores novatos se disponen a descifrar el secreto de esta extraña dimensión, pues el curso natural de la vida en la región se ha visto afectado por este misterioso suceso; pero para desvanecer esta amenaza, primero tendrán que confrontar a su maligno guardián.



El detalle que nunca se había reflejado en las anteriores entregas, se desborda en esta versión, ya que todos los objetos han sido recreados en 3D, para brindar una mayor inmersión a los espectadores; además vuelve el sistema del día y la noche realista utilizado en Gold/Silver, en el cual, si en el mundo real es de día, dentro del juego también lo sera, por el contrario si es de noche, las ciudades se iluminaran bajo la luz de la luna. Todas las criaturas capturadas en las versiones de Game Boy Advance, por medio del slot para estos cartuchos integrado en la consola, solo de esta forma es posible obtener personajes especiales dentro del nuevo territorio.