La peligrosa organización Akatsuki ha decidido capturar al intrepido Gaara, pues desean liberar al poderoso demonio que reside en su interior. Naruto y sus amigos se encargarán de buscar en todos los rincones del antiguo nipón el escondite de dichos seres macabros e intentar liberar a su amigo cautivo, sin importarles que deban confrontar incluso a su antiguo mejor aliado.

La mecánica de pelea en Akatsuki Rising se ha mantenido muy similar a la utilizada en Ultimate Ninja 4, donde los combatientes se enfrentan en un escenario tridimensional. Aquí cada usuario puede invocar técnicas especiales devastadoras para acabar con su rival e incluso explorar el entorno para utilizar ciertos objetos en su contra.