Caos (el dios de la discordia) y Cosmos (la diosa de la armonía) llevan disputando su guerra particular desde el principio de los tiempos. Cada uno de ellos convoca guerreros, que lucharán entre sí en su nombre. Lo que dichos guerreros desconocen es que llevan luchando para sus respectivos dioses durante ciclos y ciclos, puesto que nunca consiguen vencer en su totalidad a Caos o Cosmos, por lo que la guerra vuelve a comenzar, perdiendo ellos todos los recuerdos.

El origen del título se debe a que, a pesar de lo que pudiera parecer, no nos encontramos con una secuela del primer juego, sino que se trata de una precuela: En Dissidia, se nos explica durante la historia que la batalla que libran los personajes se desarrolla el decimotercer ciclo de la guerra de Cosmos y Caos. Duodecim, como su nombre índica, se desarrolla en la batalla anterior, la del duodécimo ciclo.

Las novedades jugables conocidas que aporta duodecim sobre el primer Dissidia son:

• Nuevos personajes: Los desarrolladores han confirmado que habrá entre 4 y 10 personajes nuevos, cada uno de ellos con una jugabilidad única. En esta ocasión, ya se renuncia al par héroe/villano que caracterizaba a la anterior entrega, sino que los personajes nuevos han sido escogidos ya sea por su popularidad, por tener un estilo de lucha muy particular o por mero capricho de los creadores.
• Sistema de ayudantes: en esta ocasión podremos llamar a un personaje para que nos ayude en la batalla. Existen dos variantes: defensa y ataque.
  En la versión Defensa, el ayudante nos escudará del ataque rival, y la versión Ataque se lanzará hacia el enemigo. Usar ayudantes consume unas nuevas barras que hay bajo la barra de PV.
• Mapamundi: En esta ocasión, los personajes se moverán durante el modo historia por el mapa mundi de Final fantasy I (puesto que es en dicho mundo donde acontece Dissidia), en lugar de los tableros de la anterior entrega. Qué podrá hacerse en ellos aún es desconocido.
• Modo Historia de Caos: En Dissidia, sólo podíamos jugar la historia de los héroes, relevando a los villanos para los modos Versus y Coliseo. Sin embargo, en duodecim habrá un modo historia donde los guerreros de Caos serán los protagonistas.
• Transferencia de datos: Está confirmada la opción de pasar datos del Dissidia a la nueva entrega. Sin embargo, aún no se ha especificado qué es lo que transferirá.