Maxwell Smart es el mejor analista de la ultrasecreta agencia de inteligencia estadounidense CONTROL. Max espera convertirse en un agente secreto como su ídolo, el Agente 23, que también es un buen amigo suyo. A pesar de su alta puntuación en las pruebas, se le niega la promoción, ya que el Jefe de CONTROL cree que Max es demasiado valioso como analista. Esto cambia cuando la sede de CONTROL es atacada por integrantes de la maligna organización KAOS, dirigida por Siegfried. Durante el ataque a CONTROL, las identidades de los agentes son reveladas y comienzan a ser asesinados. Ante esta situación, Max se convierte en el Agente 86 y es emparejado con la Agente 99, cuya reciente cirugía plástica ha protegido su identidad, mientras que los antiguos agentes, como 23, son degradados a oficinistas.

Max y 99 viajan a Rusia para determinar cómo KAOS pudo obtener armas nucleares. A lo largo de la misión, Max poco a poco demuestra a 99 que, a pesar de su inexperiencia y torpeza, es en realidad un buen agente. Max empieza a demostrar que siente algo por 99, y ella por él, aunque 99 no quiere tener ninguna relación con ningún agente, ya que falló en una misión por estar saliendo con su compañero (más tarde se descubre que era 23). Al lanzarse en paracaídas, el secuaz de Sigfried, Dalip, los persigue tratando de atraparlos, pero logran escapar gracias a que 99 lo aturde besándole. Durante el camino a Moscú paran en una aldea donde el principal asesino de KAOS, Krstic, da una fiesta. Tras infiltrarse en su casa, Max lucha con él y le dispara. Le mata, le asesina. Luego sigue camino rápidamente a Moscú. Al llegar allí se encuentran con el depósito de armas nucleares disfrazado como una pastelería, logran infiltrarse pero los descubren, hacen estallar el depósito de armas y escapan con la ayuda de Dalip, a quien Max ayuda con su problema matrimonial gracias a sus conocimientos como analista. El Jefe manda a 23 para supervisar la limpieza de la pastelería, pero no se encuentran pruebas de armas nucleares, lo que genera sospechas contra Max, haciéndo creer al Jefe (y a 99) que es un agente doble.