El vagabundo Shiren siempre esta en búsqueda de nuevos tesoros e imponentes monstruos que pongan a prueba sus habilidades. Ahora ha llegado a una nueva región en donde por primera vez, formará una amistad con los habitantes del poblado, ya que esta es la única manera en la que podrá explorar los misterios del calabozo más letal de todo japón y salir vivo del mismo.

Basado en la formula utilizada en los juegos Mistery Dungeon, Shiren the wanderer conserva la estructura de los calabozos formados aleatoriamente, pero introduce nuevas mecánicas de juego, como la posibilidad de revivir al personaje de un amigo de la vida real mediante el acceso a la red Nintendo WI-Fi o intercambiar objetos obtenidos en la travesía.