Altair elimino a su terrible adversario Robert De Sable, pero su misión no ha terminado, pues está dispuesto a seguir investigando hasta encontrar al culpable de las ultimas desapariciones templarias. Su búsqueda lo ha llevado hasta Chipre, donde una aterradora verdad unirá su destino con el de un joven aristocrata de la bella Italia.

En Bloodlines el objetivo es investigar a ciertos personajes misteriosos que se ocultan en la ciudad de Chipre, para ello puedes utilizar diferentes técnicas de sigilo mientras te escabulles de los violentos guardias que les protegen. Una vez que hallas obtenido toda la información puedes decidir si dejarlo con vida o eliminarlo, lo que otorga diferentes acontecimientos en la historia.