La segunda temporada continuará con la historia de Jesse y el conjunto de la serie, quienes conquistaron el Wither Storm y salvaron al mundo. Sus vidas de aventura se han establecido hasta que la mano del protagonista se queda atrapada en un guante de un templo submarino. Él, así como viejos y nuevos amigos, tendrán un viaje con opciones de la primera temporada, que permiten a los usuarios primerizos sumergirse en la segunda temporada.

Este título también tendrá el modo Crowd Play de Telltale, permitiendo que la gente pueda ver a alguien jugar el episodio y ejercer cierta influencia sobre las decisiones que toma.