Crash venció al Doctor Neo Cortex y por fin libero a su isla de las fechorías de este sombrío ser, pero el DR. tenia un ultimo as bajo la manga, con ayuda de una sustancia llamada Mojo logra convertir a los pacíficos habitantes de las islas Wumpa en poderosos titanes mutantes dispuestos a destruir todo a su alrededor, con ayuda de sus malignos nuevos ayudantes rapta a Aku Aku (el espíritu guardián de las islas) y también a Coco (la hermana de Crash).

Para poder sobrevivir a esta nueva amenaza, el héroe naranja tendrá que utilizar una nueva técnica que le permita controlar a todas las bestias llamada Hackeo, pero para hacer uso de las habilidades de sus enemigos primero necesita debilitarlos en combate con alguno de sus ágiles movimientos; si se recolecta una gran cantidad de Mojo en el escenario, se tiene acceso a un imponente movimiento especial que permite derrotar a todos los enemigos cercanos.